Vode Kopačkog rita bogate su vrstama iz porodice šarana. Pored riječnog šarana (Cyprinus carpio) u velikom broju ovdje živi sinja deverika (Abramis brama), obična kesega (Abramis ballerus), obična krupatica (Blicca bjoerkna), obični jaz (Leuciscus idus), obična bodorka (Rutilus rutilus), obična crvenperka (Scardinius erythrophtalmus), obična štuka (Esox lucius), obični som (Silurus glanis), zubati smuđ (Stizostedion lucioperca), obični grgeč (Perca fluviatilis), obični balavac (Acerna cernua) i druge vrste. U kisikom siromašnijim stajaćim vodama obitavaju obični linjaci (Tinca tinca), obični čikovi (Misgurnus fossilis), gorke gavčice (Rhodeus sericeus) i danas već veoma rijetki žuti karas (Carassius carassius). Nasuprot tome korito rijeke voli obična kečiga (Acipenser ruthenus), brzi bolen (Aspius aspius), obični podust (Chondrostoma nasus) i obična mrena (Barbus barbus). Sve do nedavno ovo područje posjećivali su obične morune (Huso huso) i obične pastruge (Acipenser stellatus), ali hidroelektrana na Đerdapu zapriječila je put ovim ribama u područja uzvodno od brane.
Posredstvom čovjeka u vode Dunavskom sliva, a time i Kopačkog rita unešene su strane vrste poput bijelog amura (Ctenopharyngodon idella), bijelog glavaša (Hypopthalmichthys molitrix), kineskog bradavičara (Pseudorasporba parva), patuljastog soma (Ictalurus nebulosus), pastrvskog grgeča (Micropterus salmoides), sunčanog karasa (Lepomis gibbosus), srebrnog karasa ili babuške (Carassius auratus), te mramorastog glavoča (Proterorhinus marmoratus).

Ustanovljeno je da je od 44 vrsta 35 autohtono, a 9 alohtono tj. strano. Od tih 9 vrsta tri (3) potječu iz Sj. Amerike, a to su kalifornijska pastrva (Salmo gairdneri), patuljasti somić i sunčani karas, a pet (5) ih je iz Azije, točnije Sibira i Rusije i to su bijeli amur, sivi i bijeli glavaš (tolstolobik), kineska bradavičarka i babuška.

Posebno treba istaknuti i stabilnost vodostaja, zbog toga što poplave nisu svake godine redovite niti iste po trajanju, pa se njihov utjecaj na riblju populaciju od godine do godine mijenja. U optimalnom slučaju rit bi trebao biti poplavljen vodom za vrijeme mrijesta ribe od 1. veljače do 31. lipnja. U vrijeme opadanja vode i njenog povlačenja u korito rijeke, riba mora biti dovoljna snažna sa već razvijenim osjećajem za migraciju i preživljavanje, kako bi se mogla domoći dublje vode ili riječnog korita Drave ili Dunava.
Riba ima vrlo važnu ulogu u prehrambenom lancu vodenih i močvarnih ekosistema, jer od veličine ribljih populacija nesumnjivo ovisi i opstanak mnogih ptica močvarica, npr. čaplji, vranaca, galebova, čigri itd.