1. Ured ravnatelja
U uredu ravnatelja obavljaju se administrativni i stručni poslovi za ravnatelja, protokolarni poslovi, poslovi u svezi odnosa sa sredstvima javnog priopćavanja, poslovi u svezi kontakata i komunikacija sa tijelima državne uprave i lokalne samouprave, te drugim pravnim i fizičkim osobama, poslovi u svezi sa zaprimanjem i rješavanjem pošte upućene ravnatelju, vođenje evidencije i pohrane povjerljive pošte, kao i stručni i administrativni poslovi u svezi s radom ravnatelja i njegova pomoćnika.
Ravnatelj ustanove odgovoran je za uspostavljanje i ostvarivanje primjerenog unutarnjeg ustrojstva, djelotvornu organizaciju rada, kvalitetno ostvarivanje programa zaštite, očuvanja i promicanja Parka prirode i koordiniranja poslova unutar ustrojstvenih jedinica. Ravnatelj je odgovoran za vođenje poslovne politike, a posebno planiranje rada Ustanove, ostvarivanja programa, praćenje rada, te za organiziranje i vođenje Ustanove.
Ravnatelj ustanove: Prof. Biserka Vištica

2. Služba stručnih poslova zaštite, održavanja i očuvanja Parka prirode
Služba obavlja stručne poslove koji se odnose na zaštitu, održavanje, očuvanje i korištenje Parka prirode, posebno poslove u svezi izrade programa zaštite, održavanja, očuvanja, korištenja i promicanja Parka prirode, njegove provedbe, praćenja stanja krajobraza, te živog i neživog svijeta, istraživanja u Parku prirode, skrb o kapitalnim ulaganjima u Parku prirode u svezi zaštite, održavanja, očuvanja i korištenja Parka prirode, kao i druge odgovarajuće stručne poslove.
Stručni voditelj vodi stručne poslove u svezi zaštite, održavanja, očuvanja i korištenja Parka prirode, te je odgovoran za ostvarivanje stručne razine tih poslova.

Stručni voditelj: Dipl.ing.biol. Tibor Mikuska
CV stručnog voditelja

3. Služba nadzora
Služba nadzora obavlja poslove nadzora u Parku prirode u svezi primjene Zakona o zaštiti prirode i Pravilnika o unutarnjem redu u Parku prirode "Kopački rit". Radi provođenja poslova nadzora služba nadzora provodi odgovarajući upravni postupak, te poduzima zakonom propisane mjere protiv osoba koje su povrijedile zakon ili pravilnik o unutarnjem redu.

Voditelj Službe nadzora: Zlatko Malić

4. Tehnička služba i služba održavanja
Tehnička služba obavlja stručne i tehničke poslove u svezi održavanja objekata i opreme, održavanja protupožarnih vozila i opreme, održavanja drugih vozila, održavanja parkovnih površina, održavanja prometnica i prirodnih puteva u Parku prirode kao i druge tehničke poslove.

Voditelj Tehničke službe i službe održavanja: Stjepan Tkalčević

5. Služba za prezentacijske aktivnosti
Služba za prezentacijske aktivnosti obavlja poslove u svezi s prezentacijom i promicanjem Parka prirode u zemlji u svijetu, organizira i provodi vođenje i prihvat posjetitelja , nadzire turističko-rekreativne djelatnosti, organizira i nadzire prezentacijske djelatnosti, pribavlja sredstva putem sponzorstva, donacija, organizira stručna savjetovanja i simpozije, te ostale stručne i znanstvene, te kulturno-edukativne skupove. Služba obavlja i druge poslove u svezi s prezentacijom i promicanjem Parka prirode.

Voditelj Službe za prezentacijske aktivnosti:
Besim Mehić, dipl. iur.

6. Služba općih i zajedničkih poslova
Služba općih i zajedničkih poslova obavlja administrativne, kadrovske, pravne, financijske, knjigovodstvene i računovodstvene poslove.

Voditelj Službe općih i zajedničkih poslova:
Darko Karalić, dipl. iur.