Glavni čimbenik raznolikosti vegetacije u Kopačkom Ritu je mikroreljef. Zahvaljujući njemu dubina vode, visina te trajanje poplava različito utječu na tipove vegetacije. S jedne strane tu su različiti tipovi šuma, a s druge vodena i močvarna vegetacija. Travnjačka i ruderalna vegetacija vezana je uz veću koncentraciju velikih preživača, poput jelena, ili uz utjecaje čovjeka. Na području Kopačkog Rita brojimo preko 40 različitih biljnih zajednica koje ubrajamo u slijedeće kategorije:
a) vodena i močvarna vegetacija
b) travnjačka vegetacija
c) šumska vegetacija
d) ruderalna vegetacija

Vodena površina je u stajaćim vodama vrlo često pokrivena zelenim sagom. Tu se često miješaju zajednice vodenih leća, pri čemu je zajednica Lemno-Spirodeletum polyrhizae najčešća. Ispod tog pokrova ponekad još nalazimo zajednicu brazdaste vodene leće (Lemnetum trisulcae).
Od zajednica vodenih leća zanimljivo je posebno istaknuti dvije rijetke na prostoru Hrvatske. Jedna je zajednica sitne leće (Wolffietum arhizae), gusti sag sastavljen od najsitnije cvjetnice (1mm) Wolffia arhiza. Druga je zajednica vodene leće i azole (Lemno-Azolletum), u kojoj dominira sitna tropska vodena paprat azola (Azolla filiculoides). Možemo je nekih godina naći na samom ulazu u rit blizu sela Kopačeva. Za nju je svojstveno da ljeti na suncu promjeni boju od zelene u tamno crvenu.

Za vrijeme visokog vodostaja karakteristične su biljne zajednice lopoča (Nymphea alba) i lokvanja (Nuphar luteum), to su zajednice submerznih biljaka koje vole mirnu vodu pa ih često možemo vidjeti duž kanala. Na površini stajaćih voda, možemo uočiti i plavuna (Nymphoidetum peltatae), vodene leće i orašca (Trapa natans). Plavun zauzima najveće površine, ima okrugle plivajuće listove koji su manji od lopoča i lokvanja, te žute cvjetove čupava ruba.

Uz rubove jezera i kanala te na površinama koje su dio godine poplavljene, a dio suhe, dominiraju zajednice visokih šaševa (Caricetum elatae) i tršćaka (Scirpo-Phragmitetum). Za razliku od šaševa, trska raste uz rubove puteva. Trska ima veliko značenje u povećanju organske produkcije, tako da se čestice mulja talože među korijenjem, mulj sedimentira i dubina dna se smanjuje.

Žuta perunika

TRAVNJAČKA VEGETACIJA

Ona zauzima vrlo male površine u cijeloj Baranji, pa tako i na području Rita. Posljedica malog broja travnjaka je hidromelioracija koja je omogućila pretvaranje tih površina u plodne oranice ili nasade topola. Vlažni travnjaci koji su pripadali raznim zajednicama, a u kojima je dominirala sibirska perunika (Iris sibirica) također su većim dijelom nestali. Nasipi koji su obrasli travnjacima povremeno se kose. Tamo nalazimo razne vrste iz porodica trava (Poacae), glavočike (Asteracae), zatim sitovi (Juncus), mente (Mentha), koja izrazito vole vlažna staništa.

Raspored šumskih zajednica je specifičan. Pri tome razlikujemo:

- poplavne šume vrba
- šume bijele vrbe i crne topole
- šume crne i bijele topole
- Šume hrasta lužnjaka

Od šumskih zajednica najveću površinu u ritu prekriva šuma bijele vrbe (Galio-Salicetum albae). Na golim sprudovima uz rijeke ili kanale ima mnoštvo sjemenki koje tamo dospiju zrakom ili vodom. Ako je sprud jedno izvjesno vrijeme izvan vode tu izniču klijanci bijele vrbe koji su jednake starosti i visine. Ako naredne godine poplava na tom mjestu nije visoka i dugotrajna, mlade vrbe brzu napreduju. Čim njihova visina prijeđe visinu poplava one se nesmetano razvijaju tvoreći prvo guste šikare a kasnije šume. Često se kao oznaka dokle je sezala voda zimi, vide prstenovi na kori bijelih vrba i do 2m iznad tla. Ti prstenovi označavaju mjesta gdje se površina vode zaledila i oštetila koru. Kao prilagodba tome na deblima bijele vrbe može se vidjeti velik broj adventivnog korjenja. Ta se šuma ne može obnavljati pa će njena sudbina biti ovisna o ponovnom nastanku golih sprudova. Kada vrbe ostare to područje će zamijeniti različiti tipovi močvarne vegetacije.

Na nešto višim terenima gdje su poplave kratkotrajnije razvija se šuma bijele vrbe i crne topole (Salici-Populetum nigrae). U prizemnom sloju dominira plava kupina (Rubus caesius). Na još uzdignutijim mjestima nalaze se šume crne i bijele topole (Populetum nigro-albae). Tu još možemo naći i druge drvenaste vrste Quercus robur, Crataegus nigra, Morus alba, Acer negundo, Viburnum opulus, te američki jasen (Fraxinus americana). Tu možemo naći penjačice poput hmelja (Humulus lupulus) i divlju lozu (Vitis sylvestris). Od zeljastih biljaka nalazimo vrste rodova: Myosotis, Iris, Urtica, Ranunculus i druge. Na širem području Kopačkog rita nalazimo i hrastove šume. Na nešto nižem terenu uspijeva šuma hrasta lužnjaka i velike žutilovke (Genisto elatae-Quercetum roboris), a na gredama suši tip šuma, zajednica hrasta lužnjaka i običnog graba (Carpino betuli-Quercetum roboris). Šuma hrasta lužnjaka je heliofilna šuma. Od drvenastih vrsta tu susrećemo: Ulmus laevis, Fraxinus angustifolia, Tilia cordata, Acer campestre, Rosa canina, a od zeljastih su česte: Caltha palustris, Anemone nemorosa, Veronica montana, Mentha aquatica, Lysmachia nummularia, Ruscus aculeatus i druge.